La situacion se ha tornado delicada para Liniers, a pesar de que su fama ha seguido creciendo, al destacarse en la Defensa.
Existe una dura tirantez entre este y el gobernador montevideano, coronel Francisco Javier de Elio, por sus sospechas que Liniers mantiene fluidos y directos contactos con Napoleon quien, tras poner a España bajo el gobierno de su hermano Jose (hasta entonces rey de Napoles), habia forzado la abdicacion de los reyes españoles. De esta manera Carlos IV -que abdico en marzo a favor de Fernando VII-, que su esposa Maria Luisa y su favorito, Manuel Godoy, primer ministro de la Corte, fueron exiliados primero a Francia y mas tarde a Roma. Luego seguiria el turno de Fernando VII (hijo de Carlos), quien junto con sus hermanos debio pasar a residir en el valle del Loira. Con la ascension de Jose Bonaparte se instaura en España una constitucion liberal.
Esto subleva a Madrid, que inicia la guerra de la independencia en nombre de la fidelidad a Fernando VII, pero lo cual se constituyen juntas regionales en todo el pais, y se inicia una guerra revolucionaria contra Jose y, por ende, contra Napoleon.
En las colonias hispanoamericanas tambien patentiza esa lealtad: ninguno acepta dialogar con los emisarios de Jose, sigue reconociendo la autoridad de Fernando, a traves de una Junta Suprema que el 15 de septiembre se formo en Aranjuez, y que actua como organo central gubernativo, con mayor autoridad que la de las juntas regionales.
Es que si bien las colonias acogieron bien la abdicacion de Carlos IV, no aceptan la intrusion de Bonaparte ni la imposicion de Jose como su Rey.
Asi fue como se plantea un grave problema politico en las colonias: Proclamadas la fidelidad de Fernando VII, surgen las pretensiones de su hermana para reinar en las colonias en su nombre. Similar pretension surge por parte de la Junta Suprema, que tambien intenta ejercer el poder vacante del rey exiliado (o prisionero) en su nombre.
Y asi como no se acepto el de Jose Bonaparte, criollos y españoles de America tampoco aceptan estos otros. A la primera, por sus estrechos intereses con Portugal, y a la Junta Suprema por dudar de que, fuera de España, posea alguna autoridad real.
Como es logico, estas alternativas van minando, progresivamente, las relaciones entre criollos y España.
