La colonizacion de las Malvinas fue el hecho inicial de Boungainville. La expedicion, aunque protegida por el duque de Choiseul, entonces ministro de marina, absorbio la fortuna del iniciador. Componiase de la fragata L' Aigle y de la corbeta Le Sphinx, construidas a sus expensas en Saint-Malo. L' Aingle, comandada por el capitan de brulote Duclos-Guyot, llevaba veinte cañones y cien hombres de tripulacion; la Sphinx, bajo el mando del teniente de fragata La Giraudais, llevaba cuarenta tripulantes, ocho cañones y seis pedreros. Ademas de Bougainville, jefe de la expedicion, el estado mayor comprendia a su pariente de Nerville, coarmador, al ingeniero geografo Lhuillier de la Serre, al capitan de infanteria Etienne de Belcourt, al teniente de infanteria N. de Saint-Simon y, por fin, al benedictino Pernetty, designado por el rey para ser el historiografo del viaje. La tripulacion, oficiales y marineros eran, salvo excepciones, de Saint-Malo. Diez pasajeros, incluyendo mujeres y niños, todos acadianos, debian ser los primeros colonos, sin contar los miembros de la tripulacion, un cirujano, un herrero, un carpintero, tres cocineros, un sirviente, seis marineros, cuatro grumetes: en total, diecisiete personas que voluntariamente se establecieron en la isla.
Ambos navios hicieronse a la vela en Saint-Malo, el 8 de septiembre de 1763. Primeramente el mal tiempo retraso la marcha, y hasta el 14 de octubre no se divisaron las Canarias: el 25 y el 26 fueron avistadas las islas de Cabo Verde y se dijo adios a la tierra hasta el 29 de noviembre, en que se toco en la isla de Santa Catalina. El estado Mayor del Aigle fue muy bien recibido por el gobernador de la isla, de donde nuestra gente no partio hasta el 14 de diciembre, bien abastecida. La permanencia en Montevideo, a donde llegaron el 28 de diciembre, nos vale algunas notas interesantes de Dom Pernetty sobre el pais, el gobernador Viana y los funcionarios españoles; encuentrase alli un verdadero desenlace de comedia a costa de los jesuitas a las que el, como buen benedictino, no puede soportar. El 16 de enero de 1764, sin acercarse a Buenos Aires, se hizo vela hacia las Malvinas, adonde se llego por el noreste el 31, reconociendo sucesivamente las Sebaldinas, las dos "islas llanas" que siguen, despues la isleta Eddystone, en la desembocadura del estrecho, que recordo a Pernetty el de la Conchee, cerce de Saint-Malo, y que Bougainville llamo la "torre de Bissy". El dia siguiente, los navios siguieron costeando por el norte la isla del este y el 2 de febrero se anclo en la bahia Francaise, a la que los ingleses tambien han creido tener que cambiar de nombre.
El punto elegido para el establecimiento, se halla enteramente al dondo de la bahia, en el lugar señalado aun como Former Settlement, al borde de un arroyito, "a buen tiro de fusil del mar". Instalaronse en un campamento hasta la llegada de la madera de construccion llevada de Tierra del Fuego. Trazo el ingeniero el plano del fuerte y se comenzo el trabajo. Unos cavaban la tierra, otros edificaban, los oficiales salian de caza; todo iba rapidamente. Terminado el fuerte San Luis, emplazaronse alli los cañones y se inauguro la instalacion con Te Deum, salvas y aclamaciones de ¡Viva el rey! Despues fue preciso buscar y apriscar el ganado que se habia escapado. A fines de febrero, se le puso la primera piedra a un obelisco conmemorativo, con una placa de plata grabada: de un lado, el plano de esta parte de la isla; del otro, una inscripcion muy circunstanciada, con fechas, nombres y cualidades de los presentes, y estas palabras en el exergo: Conamur tenes grandia.
Bougainville dejo la colonia instalada bajo el mando de M. de Nerville, y el 8 de abril emprendio viaje a Francia en la fragata que lo habia traido. El Aigle anclo en el puerto de Saint-Malo el 26 de junio de 1764. Despues de haber dado cuenta al rey y a Choiseul de la toma de posesion de las Malvinas, Bougainville se ocupe en los preparativos para un segundo viaje, ayudado esta vez, mas eficazmente todavia que la primera, por el concurso de un ministro esclarecido. Bougainville, siempre con el Aigle, pudo zarpar de nuevo el 5 de octubre, llevando oficiales y dependientes, 53 obreros de diversos oficios, cargados de herramientas, semillas, mercaderias de todas clases, y sabiendo por una carta de Nerville que todo iba bien. El 5 de enero de 1765, anclaba en la bahia Francaise; "y -nos dice Bougainville- volvi a encontrar a mis colonos sanos y contentos". Apenas descargada la fragata, Bougainville volvio a partir para efectuar el mismo un cargamento de madera en el estrecho de Magallanes; "entonces -escribe en su Voyage- encontre los navios del comodoro Byron, quien despues de haber venido a reconocer las islas Malvinas por primera vez, atravesaba el estrecho para entrar en el Mar del Sur". El 27 de abril, Bougainville volvia a hacerse a la vela, dejando en plena marcha los asuntos de la colonia, que se componia entonces de ochenta personas; el Aigle volvio a entrar felizmente en Saint-Malo el 13 de agosto. Antes de seguirlo y asistir a las complicaciones imprevistas que alli lo esperaban, debemos volver brevemente a la expedicion inglesa entrevista en el estrecho, porque es aqui donde se incuba el conflicto que tardara cinco años en estallar.